A pandemia de COVID-19 foi um período de grande incerteza e mudanças repentinas no cotidiano, provocando altos níveis de estresse. Esse cenário afetou os estudantes de ensino superior, provocando impactos na saúde mental e bem-estar desses indivíduos. Para a Psicologia Positiva, fatores protetivos, como a autoestima e a baixa intolerância à incerteza, são importantes para lidar com um atual mundo volátil, incerto, complexo e ambíguo. O objetivo do presente estudo foi avaliar a relação da prática de exercício físico com a autoestima, intolerância à incerteza e desesperança de alunos do Instituto Federal do Rio de Janeiro, Campus Realengo, durante a pandemia de COVID-19. Através da plataforma “Google Forms”, 200 alunos matriculados na graduação responderam a um questionário sociodemográfico sobre hábitos de vida e às escalas de: Autoestima de Rosenberg, Intolerância à Incerteza, dividida em dois fatores (ansiedade inibitória e prospectiva em relação à incerteza) e Desesperança. Os dados obtidos se referem ao período de março de 2020 a setembro de 2021 vivenciados pelos alunos. A comparação entre as médias das escalas de bem-estar psicológico com a prática de atividade física antes da pandemia apontou que os indivíduos ativos fisicamente apresentaram maiores níveis de autoestima e menor desesperança e intolerância à incerteza. Porém, apenas esta última foi estatisticamente significativa. A idade dos participantes também apresentou correlação estatisticamente significativa e positiva com autoestima e negativa com a intolerância à incerteza. Ao comparar-se idade e atividade física, observou-se que a média de idade dos alunos que praticavam atividade física antes da pandemia era estatística e significativamente maior do que a média dos que não eram fisicamente ativos. Sobre a quantidade de exercício físico durante a pandemia e as escalas de bem-estar psicológico, não houve diferença significativa entre os grupos. Foi possível concluir, para esta amostra que tanto a prática de atividade física prévia ao início da pandemia, quanto o maior valor de idade dos estudantes foram fatores protetivos que influenciaram a intolerância à incerteza dos alunos do IFRJ do campus Realengo, durante o período da pandemia de COVID-19.