A Química Farmacêutica abrange diversos aspectos relacionados às bases moleculares da atividade biológica dos fármacos, sendo a modelagem molecular uma ferramenta importante para a compreensão dos aspectos relacionados a essa atividade. A modelagem molecular pode ser compreendida como um conjunto de ferramentas utilizadas para a análise, na íntegra, de sistemas moleculares complexos, sendo útil para o planejamento racional de fármacos. Dentre os parâmetros avaliados na modelagem molecular, destaca-se o docking molecular ou ancoramento molecular. Através do docking molecular, é possível avaliar o perfil farmacodinâmico de determinada molécula, bem como sugerir alterações estruturais que modifiquem a interação fármaco-receptor, aperfeiçoando, assim, a resposta terapêutica. A Química Farmacêutica, enquanto disciplina de graduação em Farmácia, possui uma base essencialmente teórica, mas que é passível de ser complementada através de um eixo prático. A incorporação de aulas práticas neste domínio é uma perspectiva recente, a qual se encontra em ascensão atualmente e, ao mesmo tempo, tem revelado eficiência no processo ensinoaprendizagem. Nesse contexto, as aulas práticas de química farmacêutica — com foco em modelagem molecular — permitem que os alunos compreendam plenamente as bases moleculares das interações fármaco-receptor e se tornem capazes de planejar novos candidatos a fármacos, a partir de estratégias de modificação molecular. Uma opção viável para o sucesso do eixo prático dessa disciplina é o emprego de softwares gratuitos, cujos acessos aos programas sejam livres. Sendo assim, este trabalho tem por objetivo apresentar um roteiro, facilmente executável para a realização de aulas práticas de Química Farmacêutica, tendo como principal característica a manipulação de softwares gratuitos e acessíveis. Dessa forma, é possível criar medidas que contribuam para o ensino efetivo da disciplina, permitindo a ascensão de alunos e de trabalhadores com potencial diferenciado no mercado.