No ano de 2000, a partir da criação do Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC), foi possível padronizar os procedimentos para criação e gestão das Unidades de Conservação (UCs) em suas três esferas (Federal, Estadual e Municipal), com o intuito de fomentar o planejamento e a administração das UCs de forma integrada com as demais, contribuindo para a proteção de espécies ameaçadas de extinção, paisagens, recursos hídricos, edáficos entre outros. Ocorre que as UCs necessitam de avaliações periódicas quanto ao seu status de implantação e gestão. O presente estudo apresenta um diagnóstico do desempenho da gestão das UCs, de âmbito Federal e Estadual, inseridas na Região Hidrográfica VI – Lagos São João, a partir de uma avaliação das unidades e identificação de suas fragilidades e potencialidades através dos quesitos empregados na metodologia proposta. Os resultados demonstram que as UCs em questão carecem de maior atenção e investimento do poder público para que sejam implementados de fato a maioria dos seus instrumentos de gestão e planejamento. Os quesitos básicos como o Plano de Manejo e Zoneamento Ambiental, a Situação Fundiária, Sede Administrativa, Centro de Visitantes e Infraestrutura de Fiscalização são os que necessitam de maior investimento do poder público. Enfim, a metodologia proposta se apresenta como uma ferramenta viável para avaliar a efetividade de gestão, sendo considerada uma metodologia-piloto a ser desenvolvida e aprimorada com o intuito de fomentar o fortalecimento de ações integradas para otimização dos recursos, cooperações entre outras iniciativas previstas no SNUC.